Un elemento clave del Fondo ODS es el sistema de fondos de contrapartida, que requiere que cada contribución financiera hecha por el Fondo ODS sea igualada como mínimo uno a uno por los socios del programa conjunto. Estos socios son gobiernos nacionales y subnacionales, organismos de la ONU, el sector privado y la sociedad civil.
Esto asegura una mayor apropiación nacional y mejora la sostenibilidad, ya que muchas de estas iniciativas se amplían o informan nuevas políticas nacionales. Por lo tanto, el Fondo ODS está aprovechando los recursos en el país, con el 25% de los recursos procedentes de países no miembros del Comité de Ayuda al Desarrollo (CAD) de la Organización para la Cooperación y el Desarrollo Económicos (OCDE).
Los asociados nacionales e internacionales, incluido el sector privado, aportan aproximadamente el 58% de los recursos mediante fondos de contrapartida. Cada programa conjunto contribuye al logro de varios ODS.
Al movilizar fondos de contrapartida, cada dólar invertido en el Fondo ODS ha generado 2,36 dólares en el presupuesto por programas.
A continuación, la lista de socios del sector público que contribuyen con fondos de contrapartida a los programas conjuntos del Fondo: