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El Comité Directivo del Fondo para los Objetivos de Desarrollo Sostenible (ODS) lanzó en Abril de 2014 su primera convocatoria para propuestas de programas conjuntos, abierta a 20 países elegibles. Concebido como un mecanismo de transición entre los ODM y los ODS, la lista incluye a países de ingresos bajos e ingresos medios de cuatro regiones del mundo. Algunos de estos países participaron anteriormente en los programas conjuntos del fondo ODM, por lo tanto estaban familiarizados con el enfoque, y otros se incorporaron por primera vez. Un criterio clave para la selección de propuestas fue el impacto medible en el alcance de desarrollo sostenible, el nivel esperado de apropiación nacional del programa (incluyendo el compromiso con fondos de contrapartida) y la promoción de la coordinación a través de las agencias de la ONU.
 
El proceso, que duró de Abril a Noviembre de 2014, implicó la formulación, por parte de cada equipo nacional, de una nota conceptual coherente con el Marco de Asistencia de las Naciones Unidas para el Desarrollo (MANUD) y las prioridades de desarrollo de cada país. En los casos en los que fue aprobada, esta nota conceptual fue posteriormente desarrollada como un documento de programa conjunto endosado por el Comité Nacional Directivo. El proceso de aprobación de cada programa fue evaluado por especialistas independientes, resaltando la calidad y relevancia de las propuestas presentadas, y tuvo las siguientes fases:
 
Fase 1: Convocatoria, Abril – Junio 2014. Los coordinadores residentes de la ONU en los 20 países elegibles recibieron los Términos de Referencia del Fondo ODS y la convocatoria, en la que fueron invitados a enviar una propuesta de nota conceptual hasta el 16 de Junio de 2014. Para facilitar la aplicación y revisión, las notas conceptuales de los programas conjuntos fueron subidas a través de una plataforma online. En los Términos de Referencia estaba estipulado que como máximo se seleccionaría un programa conjunto por país. Se recibieron 29 notas conceptuales desde 19 países, con la participación de 15 agencias de las Naciones Unidas.
 
Fase 2: Revisión de las notas conceptuales, Julio 2014. Las notas conceptuales fueron revisadas por un panel internacional de seis especialistas en desarrollo. Cada uno de ellos evaluó el área sectorial de la nota conceptual (incluyendo crecimiento económico, agua y saneamiento, seguridad alimentaria y nutrición) y las cuestiones transversales (sostenibilidad, equidad de género y empoderamiento femenino y colaboraciones público-privadas), tal como estaba establecido en los Términos de Referencia. De manera paralela a la revisión de los expertos, la secretaría del Fondo ODS analizó y revisó las 29 notas conceptuales y recopiló todas las recomendaciones de los expertos técnicos. El Comité Técnico Directivo, representando a la Cooperación Española y al PNUD, se reunió en Madrid a finales de julio. De estas 29 propuestas, 11 fueron pre-aprobadas, y se contactó a los coordinadores de otras 7 de ellas para pedirles que proporcionasen información adicional aclaratoria antes de recibir la pre-aprobación.
 
Fase 3: Formulación de los documentos de programas conjuntos, Julio – Septiembre 2014.  Hasta el 15 de Septiembre, los países que habían sido pre-seleccionados subieron sus documentos de programas conjuntos, incorporando la retroalimentación técnica de revisores independientes. Varias reuniones y talleres con socios nacionales, comunidades y beneficiarios fueron organizadas para garantizar que los programas respondían a las necesidades de los actores. Más de 1.500 personas participaron en varios procesos de consultas locales. La Secretaría del Fondo ODS y los miembros del Comité Directivo  revisaron la documentación proveída por los programas conjuntos. El Comité de Gobierno, en su reunión en Madrid el 7 de Octubre de 2014, aprobó los nuevos programas conjuntos del Fondo ODS.
 
Fase 4: Firma de programas conjuntos aprobados y desembolso de la primera remesa de fondos, Noviembre 2014 – Enero 2015.
El Fondo Fiduciario de Donantes Múltiples (MPTF), agente administrativo del Fondo ODS, revisó la información financiera de cada proyecto conjunto, y después de la firma por parte de los socios, desembolsó la primera remesa de fondos, con lo cual se dio por iniciada la fase de implementación del programa.